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为尽快提升学科建设水平，学院对标对表重庆市重点学科建设标准，制定了《重庆工商大学融智学院重点学科管理办法（试行）》，重点打造应用经济学等4个校级学科。2018年年4月，学院应用经济学获批为重庆市“十三五”重点培育学科。至此，学院搭建形成了“1+2+2”重点学科体系的规划布局及建设方案。

根据近5年发布的《武书连全国独立学院学科排行榜》，学院经济学学科一直保持A+等级，管理学学科从A等级上升为A+等级。2019年，学院经济学学科排名全国第4，获评A++等级；管理学学科排名全国第8，双获评A+等级。